No âmbito do programa de beneficiação da Igreja de São Roque, após um rigoroso e apurado trabalho de restauro iniciado em 2010 em colaboração com o Instituto dos Museus e da Conservação, a Capela de São João Baptista volta agora a ser apresentada em todo o seu esplendor. Esta capela foi encomenda pelo rei D. João V, a Roma. Construída entre 1742 e 1747, foi projectada por Luigi Vanvitelli e Nicola Salvi. Esta encomenda incluía, ainda, peças de culto e ornamentais que se encontram expostas no Museu de São Roque. Este monumento destaca-se pela riqueza dos materiais de revestimento e pela qualidade exímia das composições em mosaico.

Na edição de 2011 dos Prémios da APOM - Associação Portuguesa de Museologia, o Museu de São Roque foi distinguido com o Prémio "Melhor Catálogo", com a publicação "Arte Oriental nas Colecções do Museu de São Roque", bem como com o Prémio "Incorporação", pela apresentação do "Cofre-Relicário de São Francisco Xavier", peça em prata, de origem indo-portuguesa, doada em 2009 à Santa Casa da Misericórdia de Lisboa pela benemérita Teresa Maria de Mendia de Castro (Nova-Goa).

Os melhores projectos turísticos de 2010 viram reconhecido o seu contributo para a qualificação e inovação da oferta nacional na área do Turismo. O projecto ampliação/remodelação do Museu de São Roque recebeu a menção honrosa na categoria "Requalificação - Projecto Público", por constituir um contributo para a valorização do património histórico, arquitectónico e cultural da cidade de Lisboa, elementos qualificadores dos produtos estratégicos: City Break e Touring Cultural e Paisagístico.